فعالیت­ها و برنامه های کارگروه در راستای انجام وظایف و ماموریت­های دبیرخانه شورای عالی عتف در ذیل محورهای زیر دسته­ بندی شده است.

1.   سیاست‌گذاری و پیگیری اجرای قانون

2.   رسیدگی به شکایات شرکت‌های دانش‌بنیان

3.   گزارش‌دهی به مجلس محترم شورای اسلامی

4.   ایجاد فرصت برابر و شفاف‌سازی

5.   واگذاری مراکز و مؤسسات پژوهشی دولتی غیر حاکمیتی